予測プログラム ver 0.3

既に削除した遺伝子列 G1, G2,..., Gn (注) があるとします。必須遺伝子、Synthetic lethal, purified, affinity の情報を考慮し、次に削除しても安全そうな、長さが L 以上の遺伝子を検索するプログラムを作成しました。やっていることは下記です。

  1. 必須遺伝子と、G1, G2, ..., Gn で指定した遺伝子列に含まれる遺伝子と synthetic lethal なもの、および特異形質を持つ遺伝子を避けて、長さが L 以上の遺伝子列を検索する。
  2. 上で検索された遺伝子のうち、G1, G2, ..., Gn で指定した遺伝子列に含 まれる遺伝子と purified または affinity な(?) 遺伝子が二つ以上含ま れるものは検索結果から削除します。

(注) Gi は連続する遺伝子の列を表しています。連続する遺伝子は、開始ORFと終了ORFで指定します。たとえば、YCL002C〜YCR034W と YLR398C〜YLR429W の二つの遺伝子列 (G1, G2) をプログラムに与えるには、

YCL002C YCR034W
YLR398C YLR429W
のように二行の記述をします。


(1) 既に落した遺伝子:
(2) 個以上の遺伝子を含むセグメントを検索
■相互作用
(3) Synthetic Lethal を考慮する
(4) Purified を考慮する
(5) Affinity を考慮する
■特異形質
(6) Cell Cycle Defects (207 ORFs)
(7) Cold-sensitive Mutant (106 ORFs)
(8) Cytoskeleton mutants (113 ORFs)
(9) Ethanol sensitivity (2 ORFs)
(10) G1 arrest (25 ORFs)
(11) G2/M arrest (38 ORFs)
(12) Heat shock sensitivity (14 ORFs)
(13) Heat-sensitivity (ts) (314 ORFs)
(14) Respiratory Deffect 1 (498 ORFs)
(15) Starvation sensitivity (26 ORFs)
(16) Slow-growth(slg) (236 ORFs)
(17) Growth Defect at pH8 (128 ORFs)
(18) Growth Defect in SC Medium (88 ORFs)
(19) Growth Defect in Ferm C (257 ORFs)

(1) に既に落している遺伝子列を記入。その遺伝子列に含まれている遺伝子と synthetic lethal なものを必須遺伝子と同等に扱います。記入する際には、開 始ORF[スペース]終了ORF としてください。複数の遺伝子列も指定できます。

必須遺伝子と、synthetic lethal な遺伝子を避け、(2) で指定した数以上の 遺伝子が含まれる遺伝子列を検索します。検索結果を "Cand" (candidate)と呼ぶことにしま す。

(4)または(5)が指定されている場合、(1)の遺伝子列に含まれる遺伝子の purified または affinity リストに表示されている遺伝子をピックアップしま す。そして、各 Cand においてピックアップされた遺伝子が二つ以上含まれてい る物は表示をしないようにします。

特異形質のうち、考慮したいものを (6) 〜 (19) より選んでチェックします。ここでチェックされた特異形質を持つ遺伝子は、必須遺伝子と同等に扱われます。

最終的に条件にあった遺伝子列は、次のページの染色体地図上で黄色い線で 表示されます。染色体地図上では、赤い線が必須遺伝子、白い線が synthetic lethal, 緑の線が purified または affinity, 黄色い線が特異形質を持つもの、青い線が何もないヒラの遺伝子 です。染色体地図上で黄色い線の部分にマウスポインタを会わせると、ステータ スバー (通常ブラウザウィンドウの最下部) にその遺伝子列の開始ORFと終了ORF が表示されるはずです (Mac Netscape で確認)。

また、次のページの染色体地図の下に「brief output」と言うリンクがあり ます。これをクリックすると、最終的に条件にあった遺伝子列の一覧が表示され ます。この一覧表の各行の先頭の数値は、遺伝子列の長さを含まれる遺伝子数で 示しています。

「brief output」の下には、詳細な検索経過が示されます。

最初のブロックには「既に落した」とされた遺伝子列を表示します。

ORF_Start: YBR266C
ORF_End:   YBR302C
N of gene: 37
Base: 55185

次のブロックは、「既に落した」遺伝子列に含まれる各遺伝子について、 Synthetic lethal な遺伝子を表示します。

Synthetic Lethal
 YBR287W: 
 YBR288C: YBR097W YHR135C YNL154C YOR089C YDR323C YDR495C YGL095C YML097C YOR036W

purified を考慮するように指定されている場合、次のブロックで各遺伝子に ついて purified な遺伝子を表示します。

Purified
 YBR266C: 
 YBR267W: 
 YBR268W:

affinity を考慮するように指定されている場合、次のブロックで各遺伝子に ついて affinity な遺伝子を表示します。

Affinity
 YBR266C: 
 YBR267W: YDR101C YJL122W YHR170W
 YBR268W:

purified または affinity が指定されている場合、上のブロックで表示され ている遺伝子たちをまとめて表示します。この表示ではORF名でソートし、重複 しているものは削除しています。

ORFs listed on purified or affinity
 YBR135W YBR139W YDL007W YDL097C YDL132W YDR101C YDR121W YDR394W YDR427W YEL056W
 YEL060C YER021W YFL049W YFR052W YGL004C YGL048C YGL100W YGL207W YGL244W YGR261C
 YGR292W YHL025W YHR170W YJL122W YJL176C YKL104C YKR001C YLL022C YLR152C YLR359W

これ以降のブロックでは、必須遺伝子と synthetic lethal な遺伝子を避け て検索された遺伝子列を表示しています。Number of... の部分の数字が2以上の 遺伝子列は、最終検索結果 (染色体地図、brief output) には含まれません。

Cand_start: YAL069W
Cand_end:   YAL048C
Cand_n_of_gene: 22
Number of ORFs on purified or affinity list: 0

バージョン履歴

0.3.1 (2003/5/13)
落した遺伝子と検索された遺伝子の表示に塩基数を加えた。
既に落したはずの遺伝子が検索結果に再び現れて来るバグを修正。
0.3 (2003/5/8)
特異形質を持つ遺伝子を考慮できるようにした。
0.2.1 (2003/2/5)
染色体地図上でクリックすると、クリックした遺伝子列を落したことにして検索をやり直す
0.2 (2003/2/4)
必須遺伝子情報アップ (1068遺伝子)
brief output 以外に「検索結果」を表示するようにした。ここから、各遺伝子の情報を閲覧できる。
0.1 (2003/2/2)
初期バージョン